PCR實(shí)驗(yàn)室原則上應(yīng)設(shè)置專用通道（走廊）和四個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域：試劑準(zhǔn)備區(qū)（試劑貯存和準(zhǔn)備）、標(biāo)本制備區(qū)、PCR擴(kuò)增區(qū)（擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增）、產(chǎn)物分析區(qū)（擴(kuò)增產(chǎn)物分析）。獨(dú)立設(shè)置的PCR實(shí)驗(yàn)室還應(yīng)設(shè)有樣本接收室、高壓滅菌室、更衣室、休息室、潔具室等。

為避免交叉污染，進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向的原則，即只能從試劑準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→PCR擴(kuò)增區(qū)→產(chǎn)物分析區(qū)。

各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過(guò)傳遞窗進(jìn)行。